San Sebastian Kilisesi Lagos eski şehir kuzey kesiminde, balık pazarı yakınında, bir tepenin üzerinde yer almaktadır. Bu konumdan körfezin muhteşem panoramik manzarasını sunmaktadır. Kilise kentin en eski ve en güzel kiliselerinden biri olarak kabul edilir.

Kilise 1325 yılında bu noktada üzerine inşa edilmiştir önce bile Kutsal Bakire Meryem Immaculate Conception bir şapel oldu. 1463 yılında Piskopos João de Mello bir kilise inşa edilmiş bu yerde o yapmış. 1490 yılında Portekiz Kralı, Don João II emriyle, yine yeniden çalışması yürütülmüştür ve kilise genişletilmiştir. Bundan sonra, kilise San Sebastian Kilisesi (Aziz Sebastian Kilisesi) olarak takdis edildi. Portekiz birçok tarihi yapılar ile oldu gibi ne yazık ki, kilise neredeyse 1755 yılında Lizbon depreminde yıkılmıştı. 1969 yılında meydana gelen bir depremde kilisenin restore edildi ve iki yüzyıl sonra, kilise tekrar yıkıldı. Zamanla kilise yeniden restore edildi.

Dor sütunları ayrılmış üç nefli bir kilise içinde. Kilisenin orijinal ana sunak geri XVI yüzyıla kadar uzanır. Sunak, dört panelden oluşur. Bu paneller XVI yüzyılda Alvaro Dias Algarve en ünlü sanatçılarından biri yaratılmış olması beklenmektedir. Kilise kentin eski planını tuttu. 1828 yılında kilise çan ile bir kule vardır.

1924 yılında, San Sebastian Kilisesi ulusal önem taşıyan bir anıt olarak listelendi.