Rahibeler klarissok için manastır 1280 yılında alt Maura Dias kuruldu. Manastır uzun sürmedi ve 1311 yılında o varlığı sona erdi. 1316 yılında Kral I. Dinis eşi, Portekiz, restore Manastırın Kraliçesi İsabella.

Portekiz Kraliçesi İsabella dolayı da onu olağanüstü dindarlık ve doğruluk "Kutsal Kraliçesi" olarak nitelendirdi. Onların iyi karakteri ile ünlü, aynı zamanda Kraliçe hastaneler, yetimhaneler ve okullar dayanmaktadır. Kocası Kral Dinis ölümünden sonra, o manastıra emekli oldu. Ve 1336 yılında Kraliçe öldü ve Gotik tarzda dekore mezardaki manastırda, toprağa verildi. 1626 yılında, Kraliçe İsabella onun sadaka ve iyi işler için aziz ilan edildi.

Manastırın ilk mimarı Alcobaça manastırın galeriler üzerine yaptığı çalışmalarıyla tanınan Domingos Domingues idi. O, bu mimar Lizbon galerileri katedral üzerine çalışmaları için ünlü Estevao Domingues, çalışmalarını sürdürdü. 1330 yılında, daha sonra kilisenin güney kesiminde tapınağın kutsama bir manastır inşa edilmiştir. Manastır çok sık nakit bağış ve hediyeler takdim edildi. XVI yüzyılın başında, kilise Sevilla çinileri ve yüklü yeni sunaklar ile dekore edilmiş.

Manastır ve kilise nehir Mondego sol kıyısında inşa edildi bu yana, bir yıl sonra da bina nehir sularının bankalar üzerinden akınına uğradı. Ve yüzyıllar boyunca manastır defalarca sular altında. Nedeniyle manastırda sık sel olması mümkün değildi, ve Kral John IV binayı terk ve yeni bir manastıra gitmek için sipariş - çok uzak olmayan eski bina bir tepenin üzerine inşa Santa Clara-a-Nova Manastırı. Kraliçe Isabella ve diğer kraliyet kişilerin kalıntıları ile mezar yeni binaya aktarıldı.

Zamanla, kalıntıları eski manastır. 1910 yılında bina ulusal öneme sahip bir anıt olarak listede yer aldı ve bazı imar çalışmaları yirminci yüzyılın ilk yarısında yapılmıştır.