Zagreb Üniversitesi Hırvatistan, aynı zamanda Güney-Doğu Avrupa'da sadece eski olanıdır. Roma imparatoru ve Macar-Hırvat kralı Leopold I Zagreb, Hırvatistan ve Slavonya'nın Krallığı eski başkenti ücretsiz kraliyet şehrin topraklarında ameliyat eski Cizvit Akademisi üniversite eğitim kurumları, imtiyazlarını ve durumunu tanıyan bir yasayı yayınladı zaman onun resmi kuruluş tarihi, 23 Eylül 1669 olarak kabul edilir. Bu tarih haklarının uygulanması için mücadele Zagreb Üniversitesi'nin tarihinin başlangıcı alınan ve Orta Avrupa'daki üniversiteler ve akademiler otoriter ve temsilcisi arasında layık bir yer elde etmektir.

Modern formda Zagreb Üniversitesi Tarih o 1861 yılında üniversiteye düzenlemek için önerilen girişim dzhyakovskogo piskopos ve Hırvat Josip Juraj Strossmayer belirgin hamisi ile başlar, dört fakülte: Tıbbi teolojik, felsefi ve hukuki. Öneri birkaç yıl için düşünülen ve 1874 yılında Hırvat Meclisi girişimi benimsedi ve bir kararname yayınladı oldu "üniversite üzerinde." Aynı yıl üniversite adını değiştirdi ve Zagreb'de modern üniversite olarak tanındı.

Aynı zamanda Bologna sürecine katılımı başladığı 1990 yılından bu yana Üniversite, daha fazla özerklik aldı.