Ben Ezra Sinagogu mimarisi Kıpti kiliseleri standart mimarisi farklı değildir. Bina ama X yüzyılın sonunda, aslında bir kilise olduğu için bu oldu. Halife Hakim kilise kapatıldı. Daha yakın zamanlarda bina o zaman Mısır toplumunun önemli bir parçası olduğunu Yahudi toplumunu, itfa etmiştir. Sinagog Haham Abraham ben Ezra Kudüs'ten sonra seçildi.

XIX yüzyılda, yenileme sırasında, XI-XII yüzyıllarda binlerce belgelerin bir hazine var keşfedildi Ünlü sinagog.
Son zamanlarda sinagog restore edilmiştir.