Coimbra Santa Clara manastırın yeni bina inşaatı 1649 yılında başlatıldı. Eski Manastırı, XIII yüzyılın sonunda inşa tahrip edildi, ve Santa Clara Düzenin rahibeler için yeni bir bina inşa etmeye karar verildi.

Proje Mateus Couto do kraliyet mimar inşaat sorumlusu, manastır ve kraliyet mimar João Turriano bir Benedictine keşiş geliştirdi. Yeni İnşaat yeterince uzun sürdü. 1677 yılında Santa Clara-a-Nova Manastırı olarak tanındı manastırın, yeni bir bina, rahibeler sürdü. 1696 yılında kilise kutsandı.

Manastır kilisesinin ana portal iki melek tarafından desteklenen silah kraliyet kat ile dekore edilmiştir. Kilisenin iç Barok tarzındadır. Kilise, bir nef, transept eksik vardır. Oyma ve altın yaldızlı ahşap çerçeveli altarpieces - yan şapel ve ana şapel "Talya dorado" tarzında XVII yüzyılın 14 altarpieces ile dekore edilmiştir. Buna ek olarak, yeni bir manastır Portekiz Kraliçesi Isabella, manastırın kurucusu kalıntıları ile mezarı taşındı. Kocası Kral Dinis ölümünden sonra, Kraliçe ölümüne kadar Santa Clara Coimbra manastır oldu ve orada defnedildi. Bu nedenle, halk arasında bu manastır Kraliçe Isabella manastır denir. Kilisenin ana sunağın yakınında gümüş ve Billur külleri ile mezar,. Kilisenin daha önce XIX yüzyılda heykeltıraş Antonio Teixeira Lopes tarafından Kraliçe Isabella için bir anıt, duruyor.

Manastır dehlizlerinde 1733 yılında Rönesans tarzında inşa edilmiştir. Macar mimar Carlos Mardel sorumlu bu galerilerin yapımı.